La causa y naturaleza del desarrollo defectuoso no están todavía claras. La condición de extrofia ocurre durante el desarrollo del embrión, entre la cuarta y quinta semana de gestación. En este momento es cuando varios órganos y diferentes tipos de músculos y tejidos del cuerpo empiezan a formarse desde las capas de células que se separan, dividen y pliegan. Una teoría sugiere que la alteración se da durante este proceso de plegado y separación. Una segunda teoría propone que la capa de piel que se forma sobre la vejiga en esta fase es muy delgada e incapaz de contenerla. Cuanto antes se produce el fallo en la embriogénesis, mayor será el alcance de la malformación.
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